O modelo a estimar é constituído pelo conjunto das equações do modelo estrutural e do modelo de medida. As principais dificuldades de estimação deste modelo derivam de três fatores:
Em razão destas dificuldades, não é aconselhável a utilização dos métodos tradicionais de estimação (como é o caso do método de máxima verosimilhança). No âmbito do projeto BECX é defendida a utilização do método dos mínimos quadrados parciais (PLS-Partial Least Squares) que também é um método de estimação simultânea e está particularmente vocacionado para este tipo de modelos.
O modelo é estimado separadamente para cada empresa, obtendo-se os índices das variáveis latentes e os coeficientes de impacto que quantificam as relações entre estes índices. Obtêm-se igualmente os coeficientes do modelo de medida a partir dos quais se calculam os pesos dos indicadores associados a cada variável latente.
A estimação do modelo disponibiliza igualmente medidas de precisão da estimação, como sejam os desvios padrão dos coeficientes do modelo e as margens de erro associadas aos índices.
A partir dos índices fornecidos pela estimação do modelo calculam-se, por agregação, os índices relativos ao setor.
As médias setoriais resultam da ponderação pela respetiva quota de mercado dos resultados obtidos pelas principais empresas ou marcas de cada setor, sendo ainda considerado, em alguns setores, um grupo das “Outras empresas”, que agrega todas as marcas não estudadas individualmente.